A Igreja de Nossa Senhora da Graça, também conhecida por Igreja Matriz, remonta ao século XVI. Foi pertença da Ordem de Santiago da Espada, o que pode ser atestado pela cruz que está gravada junto da entrada principal.
Contudo, há quem refira que a igreja primitiva seria ainda mais antiga, possivelmente no século XV, data a que remonta a pia da água benta que ainda hoje faz parte do espólio da Igreja de Nossa Senhora da Graça.
Com um passado atribulado, esta Igreja foi diversas vezes parcialmente destruída, quer por fenómenos naturais, como os sismos de 1531, quer por ataques de corsários.
Entre as alterações sofridas ao longo dos séculos, é necessário frisar a construção da torre sineira, já durante o século XIX. Em 1959, a Igreja Matriz de Vila Nova de Milfontes sofreu a última grande intervenção, com o intuito de modernizar as suas instalações.
Ainda assim, a Igreja de Nossa Senhora da Graça conserva alguns dos seus traços antigos, como o Arco do Altar-Mor e a Fachada.
Anualmente, durante o mês de Agosto, a Igreja de Nossa Senhora da Graça é o ponto de partida da procissão fluvial, que leva as imagens de São Sebastião e de Nossa Senhora da Graça a percorrer as águas da Foz do Mira.
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